La reconstruction 3D est une des applications les plus spectaculaires de la tomodensitométrie. Un puissant logiciel associé au scanner permet, à partir d'images planes, de créer une image 3D. Il est alors possible de basculer l'image sous tous ses angles (de haut en bas, d'avant en arrière et de droite à gauche) et ainsi donner une vision très réaliste des organes internes.